http://www.goodpic.com/mt/archives2/2006/02/ajax.html
で紹介されてる通り、script.aculo.usは通常のロードではファイルサイズが100KBを超えます。しかし、それはフルでロードしたときの容量なのです。script.aculo.usはロードするパッケージを選ぶことができる*1ので必要な機能だけを選べば良いのです。例えば、たいていの場合はscript.aculo.usのeffects.jsだけしか使わなかったりするので

<script src="/js/scriptaculous.js?load=effects" type="text/javascript"></script>

とすればOK。これでファイルサイズは34KBに収まります。また、二つ以上のパッケージを選択したい場合は

<script src="/js/scriptaculous.js?load=effects,dragdrop" type="text/javascript"></script>

と,をセパレータとして区切ればOKです。ユーザにもサーバにも優しいのでscript.aculo.usを使ってる人は是非使いましょう。
なぜAjaxianの記事ではこのTipsを紹介しなかったのかとちょっと疑問です。また、moo.fxは3KBとAjaxianでは紹介してますが、単体で使う場合は moo.fx.js + moo.fx.pack.js + prototype.lite.js が必要で合計すると12KB強になるのですが、そこら辺も書いてないのが何か作為的なものを感じられなくもありませんがたぶん深読みしすぎです＞自分。

*1:たしかVersion 1.5からついた機能